<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    The issue with that file is that there are just cells in there, i.e.
    &lt;neuroml&gt;&lt;cells&gt;&lt;cell ...&gt;&lt;cell
    ...&gt;&lt;/cells&gt;&lt;/neuroml&gt;. These are imported fine into
    neuroConstruct, but what you have then is a project with cells &amp;
    no cell groups so the default network can't be generated.<br>
    <br>
    You could add cell groups manually but ideally what you want is info
    on populations (&amp; potentially projections) in the neuroml file,
    which reference these cells. These will be used for the cell groups
    &amp; the instances of positions are used, so you're basically at
    the point of having generated the network at that stage, so you can
    visualise the full network.<br>
    <br>
    One point about visualisations though, as your cells are small, you
    might want ot use smaller than the default region size (1um cubed)
    to be able to view them in 3d...<br>
    <br>
    Padraig<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    On 31/10/11 18:40, Stephen Larson wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAHxRZu6mncGTvESFFt1Fe=u7-RFnLbT1L6LFngWZxe8Vo1E+fw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Hello,
      <div><br>
      </div>
      <div>&nbsp; &nbsp; We're importing this NeuroML into Neuroconstruct and
        asking it to "generate cell positions" and it seems that
        NeuroConstruct is just hanging. &nbsp;There doesn't seem to be any
        meaningful console output. &nbsp;This is using version 1.5.1. &nbsp;Any
        suggestions? &nbsp;The NeuroML is valid per the NeuroML validator
        online.</div>
      <div><br>
        Thanks,&nbsp;</div>
      <div>&nbsp;Stephen</div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
neuroConstruct mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:neuroConstruct@ucl.ac.uk">neuroConstruct@ucl.ac.uk</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.mailinglists.ucl.ac.uk/mailman/listinfo/neuroconstruct">http://www.mailinglists.ucl.ac.uk/mailman/listinfo/neuroconstruct</a>
Please note that the neuroConstruct mailing list is publicly archived</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
-----------------------------------------------------
Padraig Gleeson
Room 321, Anatomy Building
Department of Neuroscience, Physiology &amp; Pharmacology
University College London
Gower Street
London WC1E 6BT
United Kingdom

+44 207 679 3214
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:p.gleeson@ucl.ac.uk">p.gleeson@ucl.ac.uk</a>
-----------------------------------------------------</pre>
  </body>
</html>